Nach der Ausgrabung erfolgt die weitere Bearbeitung und Untersuchung der Knochen im Labor. Dort sind die Infrastruktur und die notwendige technologische Ausrüstung für Spezialanalysen vorhanden. Wie in jeder Wissenschaft werden spezifische Forschungsprotokolle angewandt.
Die Knochen werden vorsichtig aus dem Boden entfernt. Der Anthropologe entscheidet je nach den Erhaltungsbedingungen über die Art der Entnahme.
Für die Säuberung und Konservierung werden die am wenigsten invasiven Methoden eingesetzt. In der Regel werden weiche Bürsten zum Trocken- oder Nassbürsten verwendet. Ultraschallgeräte werden eingesetzt, um harte Ablagerungen zu entfernen.
Nur sehr abgenutzte Knochen werden mit Harzen imprägniert, um sie intakt zu halten. Knochen, die für Isotopen- und antike DNA-Analysen bestimmt sind, werden keinem Eingriff unterzogen.
Jedes Skelett im Labor wird mit einer eindeutigen Identifikationsnummer versehen. Alle Informationen werden in Datenbanken eingegeben.
Jedes Skelett wird fotografisch dokumentiert, und für bestimmte Fälle werden digitale 3D-Modelle erstellt.